Dans un futur proche, des hordes d'extraterrestres extrêmement organisés, appelés les Mimics, ont livré une bataille acharnée contre la Terre, réduisant les grandes villes en cendres et causant la mort de millions d'êtres humains. Aucune armée au monde n'est à même de rivaliser avec la rapidité, la violence et les capacités cognitives exceptionnelles des combattants Mimics, très bien armés, ou de leurs chefs dotés de pouvoirs télépathiques. Mais à présent, les armées du monde ont réuni leurs forces pour une ultime offensive à quitte ou double contre les extraterrestres…

Rahne Sinclair, Illyana Rasputin, Sam Guthrie et Roberto da Costa sont quatre jeunes mutants retenus dans un hôpital isolé pour suivi psychiatrique. Le Dr Cecilia Reyes, qui estime ces adolescents dangereux pour eux-mêmes comme pour la société, les surveille attentivement et s'efforce de leur apprendre à maîtriser leurs pouvoirs. Lorsqu’une nouvelle venue, Danielle Moonstar, rejoint à son tour l'établissement, d’étranges événements font leur apparition. Les jeunes mutants sont frappés d'hallucinations et de flashbacks, et leurs nouvelles capacités - ainsi que leur amitié – sont violemment mises à l'épreuve dans une lutte effrénée pour leur survie.

2048. Doug Quaid rêve chaque nuit qu'il est sur la planète Mars à la recherche de la belle Melina. Sa femme, Lori, s'efforce de dissiper ce fantasme. Doug va bientôt s'apercevoir que son rêve était artificiel et que sa femme est une espionne chargée de veiller à son reconditionnement mental. Il se souvient d'un séjour réel sur Mars, à l'époque où il était l'agent le plus redouté du cruel Coohagen. Il décide de s'envoler sur Mars à la recherche de son énigmatique passé.